그냥 제 짐작입니다.
메이지 유신 때 국가가 직접 국민을 파악/통제하기 위해서 호적이 만들어졌으니 거기에 본적이 들어가는 건 당연했겠죠.
그런데 이게 지금 등록기준지로 살아 있는 건, 동일인 확인을 위해서가 아닐까 싶습니다(동명이인에 생년월일 같은 사람도 많으니까 이름만으로는 구별이 어렵죠).
지금 우리는 주민등록번호란 게 있습니다만, 그게 없던 시절에는 주소가 동일인 확인 기능을 했다는 것 같습니다(민법의 주소규정이 그래서 그런게 아닐까..). 그 이전에는 누구의 아들인 누구의 아들인 홍길동이라고 했겠죠.
국민의 대부분이 주민등록번호가 있습니다만, 그게 없는 사람도 많고, 그게 없는 상황도 설정해둬야 하니까 등록기준지가 아직도 의미가 있는게 아닐까 싶습니다.

아니라구요? 그럼 대협의 말씀이 맞을 겁니다.