[제가 언급할 내용들엔 불법적인 내용들이 포함되어 있을 수 있습니다. 그러나 본 글은 불법 사용에 관련된 명확한 가이드를 제공하고 있지 않으며, 저는 그런 행위를 옹호하지 않습니다.
애초에 그런 부분에 관한 언급을 회피하면 가장 좋겠지만, 그러면 또 실제와 괴리가 생겨 별 도움이 안될 수 있어 단순 언급 정도만 썼습니다.]

단순 보관이 아니라 용도에 맞게 변경, 편집 및 보관하는게 생각보다 지식이 없으면 어렵습니다.
(그래서 리핑해서 올려주는 리퍼들은 사실 엄청난 시간과 노동력, 전문 지식을 무보수로 쓰고 있는 겁니다. 거기에 자막을 손수 입히는 경우도 많고, 공유까지 하니
다운받아 보는건 엄청 쉬운데 우리에게 오는 과정을 생각해보면 전문성을 요하고 손이 많이 가는 작업이에요.)

일단 용도 설정을 위해서 몇가지 결정해야 될 게 있습니다.
1080p나 TS얘기는 생산자가 아닌 소비자 입장에선 구할수 있는 가장 뛰어난 원본급 화질이고, 이걸 바탕으로 영상의 보관을 원하신다는건데,
(혹은 Arsene님이 영상 생산자일 수도 있겠죠. mp4나 mkv 이야기를 하셔서 다운로드 받은 영상이라고 추측했지만요.)
현실적으로 어려운 부분이 많습니다. 가장 문제되는건 역시 용량이죠.
필요에 따라 본인이 직접 리핑을 안해도 20기가정도 되는 영화 파일을 인터넷에서 구할 수도 있을텐데, 이러면 2테라 하드 기준 200여개의 영화 밖에 저장을 못하게 되니까요.
일반적으로 구할 수 있는 영화 파일이 2기가정도 된다고 보면 10배나 차이나니, 고민이 안될수 없습니다. 하드를 10배 갖추는 것도 단순히 비용문제 뿐만 아니라 부피나, 관리의 문제에서 생각해야될게 많구요.

그래서 본인 필요에 적당한 수준으로 화질을 낮추어 일종의 개인 영상 라이브러리를 갖추고 싶다는게 요지인것 같은데, 인코딩을 할때 사전에 고려해야 될게 정말 많습니다.
저도 매일매일 영상 클립들 만지고 붙지는 일을 하지만, 전문 리퍼가 아니다보다 지식이나 정보가 부족한 부분도 있습니다.
저같은 경우는 카메라로 직접 촬영한 원본 소스를 가공하는 작업을 하는 거지, 기존에 풀려있는 영상을 리핑하거나, 인/디코딩하는 작업이 주가 아니니까요.
(다시말해 저는 최초 생산자에 가깝지, 재포장이나 리뉴얼하는 분야에서는 정보가 많이 부족하다는겁니다.)

그래도 알고 있는 지식을 좀 공유해보자면, 위에 언급한 용도가 가장 중요합니다.
여기에서 용도는 여러가지로 구분할 수 있는데, 그렇게 해서 보관한 영상이 어떤 것이고(영화인가, 직캠인가, 개인촬영영상인가 등) 어떤 플랫폼에서 무엇을 위해 상영할 것인지가 가장 중요하겠죠.
영화를 기준으로 가정용 홈시어터(프로젝터 + 5.1사운드) 환경에서 개인 감상용으로 상영하고 싶은데, 일회성 상영이 아니다.
이러면 사실 그냥 블루레이 타이틀을 그냥 사는게 좋습니다. 파일 관리와 상영 시스템 구축에 들어가는 수고를 생각하면... 블루레이 타이틀이 비싸긴 해도, 그만큼 값을 하는거고,
관리도 편리하며, 하드에 파일로 보관했다가 유실되는 경우보다 보존성도 좋고, 용량문제도 해결됩니다. 그리고 결정적으로 질이 더 좋습니다.
(특히 리퍼들이 더 좋은 화질을 위해 쉽게 포기하는 음질의 면에서는... 리핑된 파일을 PC용 2채널 스피커면 몰라도, 홈시어터에서 트는건 정말 이상한 감상법이 되는 겁니다.)

그냥 일반 PC환경에서 상영하고 싶고, 화질음질이야 좋으면 당연히 좋겠지만, DVD나 블루레이 타이틀에 투자하는 비용이 없으니, 캠버전 수준으로 열악하지만 않다면 적당히 타협하겠다.
이렇게 마음먹으시면 좀 할 수 있는게 많아집니다. 일단은 사운드 시스템과 모니터가 가장 중요하겠죠. 22~23인치 급에서 4K를 틀어봤자 의미없는 일인것처럼 영상을 보는 환경이 어떤지 파악하는게 중요합니다.
스마트폰에서 볼 영상을 1080p로 3~4기가짜리 영화파일을 쓴다면, 일회성 사용이 아닐 경우(일회용이면 인코딩하기 귀찮으니깐 편하게 보고 지우려고 걍 넣는거죠.), 효율이 많이 떨어지겠죠.
안그러면 레퍼런스 참고용으로 적당한 SD급 화질로 충분하다면 굳이 720p도 고집할 필요가 없습니다.

본문에 조금 헷갈리는 부분이 그런 부분입니다. 720p를 편집용도로 인코딩 할 것인가, 안그럼 편집이 끝난 저장용도의 영상이 720p인가.
일반적으로 많이 쓰는 mkv나 mp4같은 확장자의 경우, 물론 화질차이가 있지만 화질은 확장자 컨테이너보단 코덱에서 결정되는게 큽니다.
그리고 우리가 700메가에서 2.0기가 수준의 2시간짜리 영화를 PC에서 꽤나 적당한 고화질로 감상할 수 있는 건, 동영상 감상 전용 코덱을 사용해서 무지막지한 고효율로 압축을 해서 그렇습니다.
여기에 뛰어난 코덱이 많이 알려진 h264나 x264, Xvid등 여러 종류가 있는데, 특징이나 용도에따라 사용하는 코덱이 달라집니다.
예를들면 인코딩의 걸리는 시간이 우선시되는 코덱이 있고(x264 같은 경우 결과물은 좋은데 시간이 오래걸립니다. 엄청나게...),
범용성 측면에서 표준에 가까운 h264가 여러 디바이스에서 디코딩이 쉬우니 널리 사용되기도 하고... 이쪽 분야에서는 저보단 전문 리퍼들이 더 민감하고 많은 정보를 갖고 있을 겁니다.

제가 여기서 얘기하고 싶은 부분은 감상용으로 인코딩되어 풀려있는 여러 동영상들은 편집용 코덱이 아니라는겁니다.
이건 직접 블루레이 타이틀에서 리핑을 해도 마찬가지인데, 마치 소비자가 접하는 상품으로서의 영상은, 편집이 전혀 고려되어있지 않습니다.
요리를 먹기 위해서 내놓는 것이지, 직접 해체해서 레시피 파악도 용이하도록 상품으로 내놓지는 않으니까요.
편집이라는것은 동영상을 프레임 단위로 자르고 붙일 수 있어야하는데, 일반적인 감상용에 이런 부분이 적용될 필요가 전혀 없기 때문에,
적은 용량에 더 좋은 화질을 담기 위해 프레임들이 부분부분 뭉텅이로 붙어있다고 보시면 됩니다.
이게 영상 압축의 기본적인 개념이고, 100기가가 넘는 원본 소스들의 클립 조각이 모여, 2기가 안밖으로 바뀔 수 있는 기본적인 원리입니다.
편집이라는 것은 일반적인 감상을 뛰어넘은 특수용도이기 때문에, 편집 전문 코덱으로 압축된 영상이 필요한데, 이를 위해 동영상을 다시 디코딩하고, 새로 인코딩하는 작업이 필요합니다.
그래야 비로소 영상을 각 프레임 단위로 잘라서 목적에 맞게끔 편집할 수 있는거죠.

영상을 그대로 사용 용도에 맞게끔 재포장하는 것은 생각보다 단순할 수 있습니다.
영상을 다양한 디바이스에서 틀어야되는 일반 소비자의 요구가 늘어나면서 이를 위한 전문 툴들이 많이 출시되었거든요.
다음팟인코더도 PMP나 스마트폰이 대중화되면서 나온 무료 툴 중에서도 하나이고, 무료툴 치고 성능이 꽤나 강력해서 많이 애용되었습니다,
작업하시는 분량이 많고, 단순 기능 외의 조금의 편의성이 큰 도움이 될 것 같으시면, 유료 툴을 구매하시면 됩니다.
한 두개 작업하시는데 굳이 유료 툴을 구입하는건 비추입니다만, 아예 라이브러리를 만드시겠다, 100개 200개가 넘는 100분안 밖의 영상들을 다룰 것이고, 앞으로도 지속적으로 사용할 것이다 라면,
영상변환 유료 소프트웨어는 2만원에서 10만원정도 안에서 해결 가능하니, 게임 소프트웨어 하나 구매하는 정도라 사용가치를 생각하면 크게 부담되는 가격은 아닐거에요.
지원하는 코덱이나 확장자 스펙같은걸 확인하시고, 의외로 영세한 소프트웨어 회사들이 내놓는 프로그램들도 많으니 사용자 평이나, 신뢰도도 확인하신 뒤,
괜찮은 가성비의 툴을 구입하시면 됩니다.

하지만, 단순 파일 변환이 아닌 편집을 하겠다 하시면 이야기가 좀 달라집니다.
한 두 개 단순한 자르고 붙이기의 편집이라면, 무료툴을 써도 좋습니다만, 그게 전문가가 다루는 수준으로 양이 많거나,
고급 편집 기능을 요한다면, 아무래도 비싼 편집 소프트웨어를 생각 안 할 수 없습니다. 여기에서 딜레마가 좀 생기는 겁니다.
무료툴의 편의성이라는게 한계가 있는 만큼, 자주쓰면 쓸수록 전문 툴에 비해 비효율적입니다. 어떤건 잘 되는데, 특정 코덱을 지원 아예 안해준다던가...
무료툴이라는게 개인 필요에 의해 간단히 개발했다가 혼자 쓰기 아까우니 풀어버리는 경우도 많아서, 지원 범위가 넓지 못한 경우도 많고, 편의성도 처음에 디자인한 딱 그 용도 외에는 아쉬운 경우가 많죠.
Arsene님이 직접 리핑을 하신다면, 애초에 사용할 무료 편집 툴에 맞게끔 리핑을 하시면 되는데, 그 정도는 또 아니시면,
수많은 전문 리퍼들이 리핑해놓은 각개각층의 다양한 영상 코덱과 확장자, 상세한 세팅들과 씨름을 하셔야 되는건데...

일단 고성능의 편집 소프트웨어를 정품으로 구매하시게 된다면, 위의 문제들이 거의 순식간에 해결됩니다.
(+ 편집기를 구입하시면 위의 영상변환 툴은 구입할 필요가 없어집니다. 편의성 측면에서 편집기보다 편리할 순 있는데, 기능 자체로는 편집기에서 다 되니까요.)
일례로 애플의 Final Cut Pro X 같은 경우 그냥 편집기에서 다양한 영상 소스들을 불러오기만 하면 자동으로 사용자가 원하는 세팅으로 인코딩을 해서(혹은 하면서) 불러옵니다.
편집기가 깔리면서 각종 필요한 코덱들도 같이 설치되구요, 없다면 부분적으로 설치 및 구매를 해서 편집기를 확장해서 쓸 수도 있구요.

하지만 파이널 컷 프로는 전문가를 겨냥한 고급 편집툴이라서 기본 가격이 300불로 전문가용 소프트웨어 치고는 상당히 저렴한 편이지만,
그냥 간단한 자르고 붙이기만을 위한 용도로 구매하기엔 가성비가 너무 안좋습니다. [포토샵 정품을 사놓고 사진 리사이즈만 하는 수준으로 쓰면 너무 아깝지 않을까요.]
뭐 추가적으로 편집툴의 사용법이나 이런 것들을 익혀야 하는 다른 문제가 발생하긴 합니다.
윈도우 무비메이커나 아이무비는 제가 사용을 안해봐서 잘 모르겠는데, 애초에 아이폰이나 [직접 촬영한] 가족 영상같은걸 붙이는 용도로 디자인되어서,
온라인으로 공유되는 리핑 파일들을 다룰 수 있는지 잘 모르겠습니다.

그래서 결국 불법으로 고급 편집툴을 크랙판으로 사용하거나, 편집기에서 자동으로 해주는걸 포기하고 디테일한 세팅들을 일일히 공부해서 거기에 맞는 여러 종류의 무료 편집/인코딩 툴을 써야합니다.
말이 쉽지, 이건 끊임없이 본문 같은 상황을 직접 해결책을 찾아가면서 풀어야 되는 것이고, (영상이 안나오고 소리만 들린다던가 - 비디오 코덱은 없고 오디오 코덱은 있다거나, 지원을 안한다거나)
이정도 수준은 사실 준전문가나 다름없습니다.

그나마 다행인것은 인터넷에서 많은 정보를 찾아볼 수 있다는 겁니다.
국내에도 리핑해서 파일 공유하시는 분들이 적잖게 있고, 리핑에 많이 쓰는게 버추얼 덥이나 메구이 등이 많이 사용되어서, 그런 정보는 좀 찾아볼 수 있죠.
게다가 영어로 문서를 보실 수 있다면 획득할 수 있는 정보의 양은 기하급수적으로 늘어납니다.
코덱같은 경우는 종류도 많고 새로 꾸준히 출시되고 개발되고 있으니, 습득해야 되는 정보의 양은 만만치 않지만,
리퍼들이 주로 쓰는 코덱들은 어느정도 정해져 있는 편이고, 개략적인 정보는 위키 등에도 잘 요약되어 있으니, 비전문가도 마음만 먹으면 이런 공부를 하는게 불가능하진 않습니다.
단지 들여야하는 노력과 시간이 많이 비효율일 수는 있어요.

그래서 저도 거의 비슷한 고민을 했었던 때가 있어서 반가운 마음에 장문의 댓글로 적어봅니다.
사실 이 작업에서 받는 스트레스와 넘어야할 수많은 난관까지 가치판단을 해 봤을때,
라이브러리 구축에 가장 효율좋은건 돈이 들더라도 그냥 DVD나 블루레이 타이틀을 사서 보관하고 보는 거였고,
추가적으로 편집을 하겠다면 구입한 타이틀 리핑도 직접 해서, 영상을 원하는 세팅으로 추출(?)하는게 가장 낫다고 봅니다.

일단 검색 키워드를 무료 영상 편집 / 인코딩(x) -> 컨버팅(o) / 영상 코덱 으로 구글링하시면 얻을 수 있는 정보가 많을 겁니다.
책으로 나온건 대학 영상 관련 학과에서 쓰는 교재나 영어원서 정도 말고는 아직 못 봤네요.
워낙 급변하는 분야라서, 웹상에 잘 정리되있는 문서를 그냥 찾아볼 수 있는 경우가 많아서, 잘 찾아보시면 공부하는건 어렵지 않을 듯 싶습니다.

한아님이 너무 잘 설명해주셨네요. 가장 중요한 것은 소스 파일의 인코딩 상태입니다. ts파일은 높은 확률로 HDTV 송출 등을 MPEG2 코덱으로 인코딩 했을테지만 h264 코덱일 가능성도 많죠. 확장자는 그릇일 뿐입니다. 담겨있는 음식의 조리법은 결국 코덱에 따라서 달라집니다. 같은 코덱이라도 버전이 높으면 더 효율적인 인코딩-디코딩 퍼포먼스를 보입니다. 돌아다니는 녹화 파일들은 캡쳐카드를 통해 녹화한 후 인코딩을 하는 일련의 흐름일테니 그 1차 생산자들이야 생각보다 워크스페이스에 대한 생각을 덜 할 수 있으나 제 3자가 재편집을 염두에 둔다면 그땐 조금 공부가 필요합니다. 근래의 파이널컷은 그런면에서 상당 부분 시름을 덜어줍니다. 열화가 거의 없는 편집을 위한 코덱 또한 제공하고 있습니다. 편집을 마치고 h264 코덱으로 mp4 그릇에 담으면 질문자가 가장 원하는 형태가 아닐까 생각합니다. 그러나 가장 큰 문제는 영상 편집 때문에 맥 환경을 조성할 수는 없는 일이고 프리미어로 대체한다고 하더라도 워크스페이스에 대한 문제는 여전히 치명적인 문제인지라 공급받는 파일에 대한 일관적인 프로파일이 요구됩니다. 매번 편집해야 할 소스파일에 다른 환경을 적용하려 한다면 스트레스에 먼저 퍼질 것입니다. 가장 좋은 방법은 어떤 소스파일이 입력되든 일관적인 아웃풋을 내주는 컨버팅 툴을 발견하고 그 아웃풋에 맞게 편집툴을 셋팅해놓는 것인데 사실 저는 컨버팅 툴에 대해서는 잘 모르겠군요. 결국 한아님이 말씀하신 것과 큰 차이는 없는 것 같아요.