지금도 iframe은 잘 사용하지 않습니다.
요즘 들어서 늘어나고 있다는건 사실과 다른 것 같아요.

iframe을 사용하지 말아야 할 이유는 여러가지가 있습니다.
문서 안에 문서가 포함되는 형태라 두 문서가 유기적으로 처리되기 어렵습니다.
때문에 레이아웃의 경직성, 페이지내 동적 처리(비동기 갱신)의 어려움을 필연적으로 발생하게 만듭니다.
검색엔진 최적화에도 좋지 않고, 유지보수에도 많은 문제를 만듭니다.


다만 과거에는 embed 태그나 object 태그를 사용하여 링크하던 동영상 임베딩 방식이 iframe으로 변경되어 사용되고 있기는 합니다.
대표적으로 유튜브가 그렇지요.

동영상 임베딩을 iframe 방식으로 제공하는 이유는 몇 가지가 있습니다.
플래시와 같은 특정 플러그인 기술의 구애를 받지 않고 기본적인 웹 기술 만으로 구현이 가능하고, 모든 플랫폼에 같은 방식으로 제공이 가능하며 유지보수가 수월합니다.
또한 사용자들이 퍼간 뒤에도 영상 플레이어를 지속적으로 개선하여 제공 할 수 있습니다.

iframe 자체가 보안 홀이 되지는 않지만, 보안에 취약한 환경을 사용중인 사용자에게 위험 할 수는 있었지요.
게시판 자체에서 플래시 삽입이나 스크립트 삽입을 하지 못하게 막고 있지만, iframe을 허용한다면 iframe으로 불러온 문서에서 해킹용 플래시나 스크립트를 구동 시킬 수 있어서요.

하지만 요즘은 플래시나 스크립트의 구동 만으로 문제가 될만큼 취약한 사용자 환경은 많지 않은 것 같습니다.
그래도 작년에 클리앙에서 악성코드가 심긴 광고 사용으로 문제가 되었던 걸 생각해보면 여전히 위험할 가능성은 있는 것 같습니다.

하지만 그건 iframe이 아니라 일반적인 사이트 방문시에도 잠재된 위험이기 때문에 결국 사용자가 스스로 자기 환경의 보안을 잘 챙길 필요가 있을 것 같습니다.
OS 업데이트를 열심히 잘 해야한다는 뜻이지요.