재판부는 국토교통부가 실시협약상 무임승차적용 방안에 관한 협의의무를 이행하지 않았다고 보고, 경기철도 청구금액 중 교통학회가 계산한 '별도운임' 기반 무임승객 운임 상당액 89억9000만원을 전액 지급하라고 판결했다.

다만 실시협약에서 정한 사업수익률(4.70%)을 달성하기 위한 적정 운임과 실제 징수 운임의 차액을 정부가 추가로 보상·지원할 의무가 있다는 경기철도 측 주장은 "사업으로 인한 모든 위험을 정부가 부담하라는 것"이라며 받아들이지 않았다.

1심 판결 후 국토부와 경기철도는 모두 상소했다.

한편 신분당선 기존구간(강남~정자)의 민간사업자인 '신분당선 주식회사'도 국토부를 상대로 낸 같은 내용의 행정소송 1심에서 일부 승소해 339억원의 배상 판결을 받았다.
이 사건도 양측이 항소해 서울고법에서 재판이 진행 중이다.
https://n.news.naver.com/mnews/article/015/0005052529?sid=102

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강남~정자 구간 : 노인 무임승차 339억 국가에서 줘라
정자~광교 구간 : 노인 무임승차 90억 국가에서 줘라
강남~신사 구간 : 여긴 여기대로 또?..